Nafin fondea sus operaciones a través de capital recaudado en los mercados de capitales nacionales, préstamos de instituciones internacionales de desarrollo como el Banco Interamericano de Desarrollo, el Banco de desarrollo Alemán, entre otros, líneas de crédito con bancos extranjeros y la colocación de valores en mercados internacionales de capitales. Con esto, se busca asegurar que la Institución cuente con los recursos suficientes, en las mejores condiciones de costo y plazo, para poder dirigirlos a las diferentes áreas de negocio de la institución.